Với tầm nhìn chiến lược, Đảng và Nhà nước xác định giáo dục và khoa học công nghệ là quốc sách hàng đầu. Theo phương châm đó, ngày 14/1/1993, Hội nghị lần thứ tư Ban chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam (Khóa VII) đã ra Nghị quyết, trong đó chỉ rõ nhiệm vụ “xây dựng một số trường đại học trọng điểm quốc gia” để làm đầu tàu và nòng cốt cho giáo dục đại học nước nhà.
ĐHQGHN được thành lập theo Nghị định 97/CP ngày 10/12/1993 của Chính phủ với vai trò và sứ mệnh đó, trên cơ sở tổ chức, sắp xếp lại 3 trường đại học lớn ở Hà Nội: Trường ĐHTHHN, Trường Đại học Sư phạm Hà Nội I và Trường Đại học Sư phạm Ngoại ngữ Hà Nội. Tháng 9/1995, Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn (ĐHKHXH&NV) thuộc ĐHQGHN được thành lập trên cơ sở các đơn vị đào tạo về khoa học xã hội và nhân văn của Trường ĐHTHHN, trong đó có Khoa Kinh tế.
Việc thành lập Trường ĐHKHXH&NV là cơ hội mới cho sự phát triển của các ngành khoa học xã hội, nhân văn nói chung và ngành kinh tế nói riêng. Tháng 10/1995, TS. Lê Danh Tốn được bổ nhiệm làm Chủ nhiệm Khoa đầu tiên của Khoa Kinh tế. Lịch sử Khoa Kinh tế chuyển sang trang mới.
Là thành viên của một trung tâm đào tạo và nghiên cứu khoa học có chất lượng hàng đầu trong hệ thống các cơ sở đào tạo, nghiên cứu khoa học xã hội, nhân văn của cả nước, Khoa Kinh tế xác định nhiệm vụ chiến lược là giữ vững và từng bước nâng cao chất lượng, hiệu quả đào tạo, tạo thế đứng vững vàng và hàng đầu trong hệ thống các cơ sở đào tạo về kinh tế.
Để thực hiện nhiệm vụ trên, ngay từ những ngày đầu hoạt động trong môi trường mới, Khoa Kinh tế đã xây dựng chương trình công tác 4 năm (1995-1999) với các nội dung: xây dựng và phát triển đội ngũ cán bộ, tạo chuyển biến mạnh về chất lượng đào tạo và nghiên cứu khoa học, đẩy mạnh quan hệ hợp tác trong đào tạo và nghiên cứu khoa học, đổi mới lề lối làm việc, nâng cao hiệu quả công tác sinh viên.
Đầu năm 1997, nhận được chủ trương của cấp trên, Khoa Kinh tế đã tổ chức đánh giá tình hình của Khoa sau gần 2 năm hoạt động trong Trường ĐHKHXH&NV và xây dựng đề án phát triển Khoa giai đoạn 1997 - 2000 với nội dung cơ bản là đổi mới mạnh mẽ trên tất cả các lĩnh vực công tác nhằm thực hiện 5 chương trình xây dựng và phát triển Trường ĐHKHXH&NV theo tinh thần của Nghị quyết Trung ương 2 (khóa VIII).
Trong đề án này, một lần nữa mục tiêu đào tạo xác định từ khi thành lập Khoa tiếp tục được khẳng định và cụ thể hóa, thể hiện rõ nét hơn bản sắc riêng có của Khoa trong hệ thống các cơ sở đào tạo đại học về kinh tế. Điểm nhấn mạnh ở đây là quá trình đào tạo phải hình thành được ở sinh viên tư duy kinh tế mang tính khoa học và hiện đại, kết hợp lý luận với thực tiễn, kinh tế với chính trị, xã hội, văn hóa và lịch sử, coi trọng đặc biệt các kiến thức cơ bản, chú ý thích đáng tới các kiến thức ứng dụng, các kiến thức tiếp nhận được phải trở thành bản lĩnh khoa học, phương pháp tư duy phải trở thành phương pháp hành động.
Các sinh viên tốt nghiệp Khoa Kinh tế có khả năng giảng dạy, nghiên cứu khoa học và hoạt động thực tiễn, có khả năng thích ứng cao với nhu cầu của xã hội, có khả năng chuyển đổi nghề nghiệp trong lĩnh vực kinh tế và có khả năng tiếp tục học tập, nghiên cứu ở bậc đào tạo cao hơn.
Trong giai đoạn 1995 - 1999, đội ngũ cán bộ của Khoa có chuyển biến mạnh mẽ về chất lượng. Nếu như năm 1995, Khoa có 6 tiến sĩ, 5 thạc sĩ thì đến năm 1999, Khoa có 16 tiến sĩ, 19 thạc sĩ. Đây là kết quả của sự chuẩn bị từ giai đoạn trước và sự nỗ lực của đội ngũ cán bộ trong quá trình phát triển của Khoa. Sự gia tăng về chất lượng của đội ngũ cán bộ còn thể hiện rõ nét ở năng lực nghiên cứu, tiếp thu và vận dụng các kiến thức hiện đại vào đổi mới nội dung và chương trình đào tạo.
Nếu như ở giai đoạn trước, Quản trị kinh doanh và Kinh tế đối ngoại được đưa vào chương trình đào tạo với tư cách là hệ thống chuyên đề (chuyên ngành hẹp) với số đơn vị học trình hạn chế thì ở giai đoạn này, bên cạnh việc tiếp tục đổi mới, hiện đại hóa chương trình đào tạo cử nhân ngành Kinh tế chính trị, Khoa đã xây dựng và đưa vào thực hiện chương trình đào tạo cử nhân ngành Quản trị kinh doanh và ngành Kinh tế đối ngoại (bắt đầu từ giai đoạn II của K39).
Việc đổi mới nội dung các môn học đã có từ trước và đưa vào các môn học mới, ngành đào tạo mới đòi hỏi phải biên soạn chương trình môn học và các bài giảng, giáo trình. Đây là nhiệm vụ hết sức khó khăn, song với tinh thần quyết tâm đổi mới, nâng cao chất lượng đào tạo của đội ngũ cán bộ, sự động viên, khuyến khích của lãnh đạo Trường ĐHKHXH&NV và Khoa Kinh tế, chương trình các môn học đã được xây dựng (trong đó có 56 môn học mới), các bài giảng đã được biên soạn, 5 giáo trình đầu tiên của Khoa đã được xuất bản. Đó là kết quả từ những nỗ lực vượt bậc của tập thể cán bộ Khoa, sự hợp tác có chiều sâu hết sức hiệu quả của các viện và các trường kinh tế.
Quy mô đào tạo được mở rộng cùng với việc Khoa bắt đầu đưa vào đào tạo các ngành học mới. Cũng ở giai đoạn này, những ý tưởng về đào tạo thạc sĩ Quản trị kinh doanh, Kinh tế thế giới và Quan hệ kinh tế quốc tế và tiến sĩ Kinh tế chính trị được hình thành và các điều kiện để thực hiện các chương trình sau đại học nói trên được chuẩn bị một cách chủ động và tích cực.
Công tác nghiên cứu khoa học đã có bước phát triển mới. Các cán bộ của Khoa đều tự giác và tích cực trong nghiên cứu khoa học phục vụ cho biên soạn chương trình môn học, bài giảng, giáo trình, thực hiện luận án tiến sĩ, luận văn thạc sĩ, phục vụ cho nâng cao chất lượng đào tạo, góp phần vào sự phát triển kinh tế - xã hội của đất nước. Nhiều cán bộ có tham luận tại các hội thảo quốc tế về Việt Nam học, doanh nghiệp vừa và nhỏ, phát triển con người, kinh tế khu vực và quốc tế…
Lần đầu tiên trong lịch sử phát triển của mình, Khoa Kinh tế đã giữ vai trò nòng cốt trong hội thảo khoa học quốc tế về mối quan hệ giữa khu vực Nhà nước và khu vực tư nhân trong nền kinh tế thị trường, do Trường ĐHKHXH&NV, Trường Đại học Toulouse I (Pháp) và Đại học Tunis III (Tuynidi) phối hợp tổ chức.
Các hoạt động nghiên cứu khoa học của sinh viên sôi động, đa dạng và đóng góp thiết thực vào việc nâng cao chất lượng đào tạo. Câu lạc bộ Sinh viên Kinh tế được thành lập và hoạt động hiệu quả với sự hỗ trợ của Hội các nhà doanh nghiệp trẻ Việt Nam và sự khuyến khích, giúp đỡ của Chi ủy, Ban Chủ nhiệm Khoa, các thầy cô giáo. Lần đầu tiên trong lịch sử hoạt động khoa học của sinh viên Khoa Kinh tế, một hội thảo khoa học do sinh viên tự tổ chức đã được thực hiện nhằm báo cáo các kết quả nghiên cứu qua khảo sát thực tế của các nhóm sinh viên về làng nghề truyền thống.
Hợp tác quốc tế trong đào tạo tiếp tục được mở rộng với sự tham gia giảng dạy của một số giáo sư nước ngoài (theo dự án hoặc giảng dạy tình nguyện) tại một số lớp đại học và cao học trong cả năm học hoặc trong thời gian ngắn. Khoa cũng nhận hàng chục tài liệu chuyên môn có giá trị của các trường đại học và các giáo sư nước ngoài. Hợp tác quốc tế trong nghiên cứu khoa học cũng bước đầu được triển khai thực hiện và mang lại những kết quả tốt.
Có thể khẳng định, thời gian hoạt động trong Trường ĐHKHXH&NV là không nhiều so với lịch sử của Khoa Kinh tế, song dưới sự chỉ đạo và quan tâm sâu sắc của Đảng ủy, Ban Giám hiệu Trường ĐHKHXH&NV, với sự đoàn kết và quyết tâm cao của tập thể cán bộ và sinh viên, Khoa Kinh tế đã có sự phát triển mạnh mẽ trên tất cả các mặt hoạt động, góp phần tích cực vào việc thực hiện thắng lợi 5 chương trình công tác lớn của Nhà trường.
Đây là giai đoạn Khoa có những đổi mới toàn diện và sâu sắc, để lại nhiều bài học kinh nghiệm quý giá mà đậm nét nhất là bài học về tính chiến lược trong hoạt động, sự sáng tạo và quyết tâm đổi mới trong tất cả các lĩnh vực công tác. Và trên hết là bài học về sự kế thừa và phát huy truyền thống tốt đẹp của Khoa nhằm tạo tiền đề để thực hiện thành công các nhiệm vụ trong bối cảnh mới khi Khoa Kinh tế được nâng cấp và phát triển thành đơn vị trực thuộc ĐHQGHN.