Ngày 15/12/1999, Công đoàn Khoa Kinh tế trực thuộc Công đoàn ĐHQGHN được thành lập trên cơ sở tổ chức tiền thân là Công đoàn bộ phận Khoa Kinh tế thuộc Công đoàn Trường ĐH KHXH&NV. (Sau khi Khoa Kinh tế trực thuộc ĐHQGHN được thành lập trên cơ sở Khoa Kinh tế thuộc Trường Đại học Khoa học Xã hội & Nhân văn ĐHQGHN vào tháng 7/1999 (mà tiền thân là Khoa Kinh tế Chính trị Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội được thành lập từ tháng 11/1974).
Ngày 24/6/2007 Chủ tịch Công đoàn ĐHQGHN ra Quyết định số 31/QĐ-CĐ, đổi tên Công đoàn Khoa Kinh tế - ĐHQGHN thành Công đoàn Trường Đại học Kinh tế - ĐHQGHN. ( Sau khi Thủ tướng Chính phủ ra Quyết định số 290/QĐ-TTg, ngày 6/3/2007 thành lập Trường Đại học Kinh tế thuộc ĐHQGHN trên cơ sở Khoa Kinh tế thuộc ĐHQGHN).
Từ khi thành lập đến nay, Công đoàn Trường Đại học Kinh tế đã trải qua 6 kỳ đại hội:
- Đại hội lần thứ I - tháng 6/2000
- Đại hội lần thứ II - tháng 5/2003
- Đại hội lần thứ III - tháng 9/2005
- Đại hội lần thứ IV - tháng 12/2007
- Đại hội lần thứ V - tháng 9/2010
- Đại hội lần thứ VI - tháng 1/2013.