Nằm trong lộ trình hoàn thiện cơ cấu đa ngành, đa lĩnh vực của ĐHQGHN, đặc biệt là phát triển một số ngành kinh tế mũi nhọn chuẩn bị cho sự ra đời của Trường ĐHKT, ngày 5/7/1999, Giám đốc ĐHQGHN đã ký Quyết định số 1164/TCCB thành lập Khoa Kinh tế trên cơ sở sắp xếp, tổ chức lại Khoa Kinh tế - Trường ĐHKHXH&NV.