Sau chiến thắng Điện Biên Phủ, ông được Trung ương cử sang Trung Quốc để đào tạo về lý luận ở Học viện Mác - Lênin. Sau 2 năm, ông được cử làm Chủ nhiệm Khoa Kinh tế. Sự nghiệp của ông bắt đầu từ đó.

Đầu năm 1959, ông được cử về Uỷ ban Khoa học Nhà nước, cùng ông Bùi Công Trừng xây dựng Viện Kinh tế học.

Năm 1965,  ông là Uỷ viên Đảng - Đoàn, Uỷ ban Khoa học Xã hội. Đến năm 1968, ông được cử làm Phó chủ nhiệm Uỷ ban Khoa học Xã hội. Ông giữ trách nhiệm lãnh đạo Uỷ ban Khoa hoc Xã hội 10 năm nữa, cho đến khi được điều động khỏi nghề nghiên cứu khoa học để chuyển sang nghề quản lý kinh tế.

Giới kinh tế học thời đó có một đặc điểm khác với nhiều ngành khoa học khác: phần sản phẩm tinh tuý và công phu nhất của nó lại không phải là những công trình xuất bản công khai, mà là những kiến nghị, những đề án, những báo cáo... Những thứ đó không thể in và phát hành rộng rãi trong xã hội, mà chỉ có thể trực tiếp gửi cho những cơ quan cao nhất của Đảng và Chính phủ. Trần Phương cũng giống như nhiều nhà kinh tế học cỡ lớn thời đó, không viết nhiều sách. Điều này ông cũng đã từng giải thích cho những thế hệ sau ông: "Thời đó những ý kiến hay nhất của bọn mình thì lại không thể công bố được. Những ý tưởng kinh tế quan trọng nhất chỉ có thể có vài người đọc thôi. Nhưng vài người đó lại quyết định cả vận mệnh của nền kinh tế quốc gia. Do đó bọn mình không dành nhiều thì giờ để viết sách. Thì giờ nhiều nhất vẫn là phải dành để xử lý những vấn đề mà Trung ương, Bộ Chính trị và Chính phủ đặt ra...".

Cũng vì vậy, nếu nói đến những tác phẩm để ghi vào lý lịch khoa học của Trần Phương thì không nhiều: mấy cuốn sách và vài chục bài luận văn. Ông có 4 cuốn sách đã xuất bản, mà cũng không mấy nổi tiếng: "Chủ nghĩa tư bản ở nông thôn Việt Nam sau cải cách ruộng đất", "Kinh tế học phổ thông" (2 tập), "Cách mạng ruộng đất ở Việt Nam", "Kinh tế Bungari từ sản xuất nhỏ lên sản xuất lớn XHCN". Như sau này ông thổ lộ, mấy cuốn sách đó cũng còn sơ sài. Cuốn "Cách mạng ruộng đất"theo ông lẽ ra có thể viết sâu sắc và đầy đủ hơn, nhưng trong những điều kiện lúc đó chỉ có viết đến thế thôi. Sau khi hoàn thành bản thảo cuốn này, Trần Phương đã phải gửi lên để ông Trường Chinh đọc và cho ý kiến trước khi in. Sau này Trần Phương giải thích với tôi: "Viết để cho ông Trường Chinh thông qua thì cậu cũng hiểu là phải viết như thế nào...".

Viết một công trình khoa học kinh tế để công bố, nhất là nói đến những vấn đề đường lối, quan điểm chiến lược, không dễ dàng chút nào. Thường phải gọt đẽo kỹ càng tới mức không còn bao nhiêu cái sắc nét nữa. Cũng do đó, những cái thú vị nhất lại là những cái "lưu hành nội bộ".

Phần "Lưu hành nội bộ" sáng giá nhất trong cuộc đời khoa học của Trần Phương có lẽ là những đóng góp trực tiếp cho Tổng Bí thư Lê Duẩn.

Từ năm 1965 trở đi, ông bắt đầu được Tổng Bí thư chú ý vì những ý kiến và những bài nghiên cứu của ông. Sau đó, ông trở thành một trong những trợ lý gần gũi nhất của Tổng Bí thư. Trên cương vị đó, ông đã có những ảnh hưởng đáng kể đến những suy nghĩ và quyết định của Tổng Bí thư trong lĩnh vực kinh tế.

Nói rằng Trần Phương có những ảnh hưởng đáng kể tới những suy nghĩ của Tổng Bí thư, cũng có nghĩa rằng Trần Phương không phải là một cái bóng của Tổng Bí thư. Bằng những hiểu biết và những thực tế mà ông quan sát được, ông đã can ngăn nhiều ý tưởng, hoàn thiện và đôi khi cũng điều chỉnh những suy nghĩ. Tổng Bí thư trọng dụng ông vì lý do đó. Hai con người này đã tạo thành một "sự gắn bó" suốt trong 20 năm, cho tới khi Tổng Bí thư qua đời (1986).

Trong số nhiều đóng góp của Trần Phương đối với tư tưởng kinh tế Việt Nam, có thể kể đến một số "công lao" không phải là vạch đường chỉ lối, mà là can ngăn và điều chỉnh.

Ông cũng từng khác ý với Lê Duẩn trong cách nhìn nhận bước đi ban đầu của công nghiệp hoá. Theo Lê Duẩn thì phải bắt đầu từ các ngành công nghiệp cơ bản, trong nông nghiệp thì phải bắt đầu bằng cơ giới hoá. Trần Phương cho rằng phải bắt đầu công nghiệp hoá từ nông nghiệp, mà muốn đưa năng suất của nông nghiệp lên thì không thể và không nên bắt đầu bằng cơ giới hoá, mà phải từ giống và phân bón (Bài "Bàn về bước đi..." đã kể trên). Tư tưởng này cuối cùng đã được chấp nhận.

Nền kinh tế cũng như các cơ quan kinh tế thời đó là những nơi "chiêu hiền đãi sĩ". Bất cứ ai có khả năng nghiên cứu đều được Viện trưởng "vời". Nhưng như ông nói sau này, ông đã "vời về đó hơn 400 con người, rồi lại phải ký quyết định chuyển công tác cho khoảng trên 300 vị. Tại sao vậy? Hầu hết những cán bộ nghiên cứu đều không từ một nguồn đào tạo đầy đủ nào cả, mà lấy ngang lấy tắt: một số từ trường Đảng Nguyễn Ái Quốc, một số từ các ban nghiên cứu của Phủ Thủ tướng, một số từ các cơ quan tham mưu của quân đội, một số từ các bộ, các ty, sở... Những người này đã mất phần lớn thời gian cho cuộc cách mạng và kháng chiến. Tri thức nghiên cứu không đủ, cái đà nghiên cứu khoa học cung không có, nên hiệu quả nghiên cứu rất hạn chế. Thực tế đó làm nảy sinh trong đầu GS. Trần Phương một ý tưởng: Phải đào tạo những nhà kinh tế. Ông đã từng mở một lớp bồi dưỡng cho các cán bộ đầu đàn, do các chuyên gia Liên Xô giảng dạy. Nhưng thế hệ này còn làm việc được bao lâu nữa? Về lâu dài, phải bắt đầu đào tạo lớp trẻ, tức là tuyển những học sinh tốt nghiệp phổ thông để đào tạo chính quy. Muốn thế, phải mở ra ở bậc đại học một khoa chuyên về Lý luận kinh tế. Khoa đó không thể để trong Trường Đại học Kinh tế Quốc dân là nơi có mục tiêu đào tạo cán bộ thực hành. Thế là Khoa Kinh tế Chính trị thuộc Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội được thành lập vào tháng 11.1974 với nhiệm vụ là đào tạo cán bộ kinh tế chính trị có khả năng phân tích, hoạch định chính sách, khả năng nghiên cứu kinh tế chính trị, GS. Trần Phương là người sáng lập và cũng là Chủ nhiệm khoa đầu tiên.

GS. Trần Phương đã huy động hầu hết cán bộ của Viện Kinh tế sang làm cán bộ giảng dạy và cán bộ quản lý, thậm chí cả cán bộ hành chính cho Khoa này. Hệ thống thư viện, phòng tư liệu của Viện Kinh tế cũng được ông giao nhiệm vụ phục vụ nhu cầu học tập và giảng dạy của Khoa.

Khi Khoa mới được thành lập, GS. Trần Phương đã dành thời gian trực tiếp lên lớp giảng bài và báo cáo ngoại khóa cho sinh viên. Những ai đã được nghe ông giảng bài, hoặc nghe ông nói chuyện đều có ấn tượng rất sâu sắc về kiến thức uyên thâm, về phương pháp dạy, hình thành ở người học bản lĩnh, phương pháp tư duy và đặc biệt là niềm say mê khám phá khoa học.

GS. Trần Phương rất quan tâm đến hoạt động nghiên cứu khoa học của sinh viên, bởi chính ông là một nhà nghiên cứu. Trong 4 năm học, sinh viên Khoa Kinh tế được 3 lần đi thực tập để khảo sát thực tế và viết báo cáo khoa học. GS. Trần Phương đã nhiều lần trực tiếp đưa sinh viên xuống địa bàn thực tập, trực tiếp đọc, góp ý cho các luận văn. Về viết, ông rất nghiêm khắc và đòi hỏi cao. Ông đặc biệt chú trọng đến tính độc lập, sự sắc sảo và cả những gai góc trong nghiên cứu. Nhờ vậy, sinh viên của ông trưởng thành nhanh về năng lực và bản lĩnh nghiên cứu khoa học.

Nhưng GS. Trần Phương chỉ trực tiếp làm Chủ nhiệm Khoa trong 4 năm (1974 - 1978). Vào những năm cuối thập kỷ 70 thế kỷ XX, việc "truyền đạo" chỉ là một phần trong các hoạt động của ông. Việc đời còn ngổn ngang bao cuốn hút: nhiều vấn đề đại sự của quốc gia đang đòi hỏi ông phải tham gia giải quyết. Sau khi đã thành lập Khoa Kinh tế và vực nó cho có đà, ông đã trao chức Chủ nhiệm khoa cho một Viện trưởng mới lên thay ông, để ông rảnh tay lo "việc đời"...

Đây là bài viết nhân dịp kỷ niệm 100 năm ngày thành lập Đại học Quốc gia Hà Nội, tôi chỉ xin nói về những gì liên quan đến thời kỳ Trần Phương còn làm khoa học. Những chuyện sau đó thì nhiều lắm và cũng rất thú vị. Nếu ví công cuộc chuyển đổi kinh tế của Việt Nam như việc phá một căn nhà cũ để xây một ngôi nhà mới, thì trong sự nghiệp lớn lao này, Trần Phương có đóng góp nhiều viên gạch (và trước đó nữa thì khá nhiều nhát búa). Những việc đó đến nay không mấy người biết rõ. Vì thế không phải không có những cách nghĩ chưa trọn vẹn về ông. Nhưng nhìn nhận về sự nghiệp tham chính của ông không phải là việc của bài này. Đó sẽ là chuyện của những cuốn sử.

Dù sao, để có một bức chân dung ít nhiều trọn vẹn về một con người đã từng sống và làm việc cùng chúng ta gần nhiều thập niên, tưởng cũng nên lược kể lại cho nhau biết những gì về ông từ ngày ông tham chính cho đến hôm nay.

Năm 1976, tại Đại hội Đảng toàn quốc lần thứ IV, Trần Phương trúng cử Ban Chấp hành Trung ương. Đến năm 1977, Trần Phương được điều ra khỏi "nghề" nghiên cứu khoa học kinh tế để đi vào điều hành kinh tế. Đương nhiên, trong con người ông vẫn luôn luôn tồn tại một nhà kinh tế. Trước hết, ông được cử giữ chức Thứ trưởng Bộ Nội thương.

Trong "việc đời" này, ông có nhiều đóng góp cho kinh tế. Có thể ghi nhận rằng ở cương vị "tham chính" ông đã có một số tác động tích cực cho những chuyển đổi kinh tế ở Việt Nam, đặc biệt là trong những bước khởi đầu gian nan nhất.

Một trong những đóng góp lớn đó là giải toả cho nông dân khỏi cái "ách" của chế độ thu mua nông sản. Câu chuyện này thì có thể viết thành cả một "thiên sử", ở đây chỉ xin nói vắn tắt thôi. Từ những năm đầu thập kỷ 60 thế kỷ trước, bắt đầu có chế độ nghĩa vụ bán nông sản cho Nhà nước, coi là điều đương nhiên trong CNXH. Nhất là trong hoàn cảnh có chiến tranh thì nghĩa vụ đó còn là một nhiệm vụ chính trị, một biểu hiện của lòng yêu nước. Là những người mác xít, những người cộng sản, lúc đó không ai thắc mắc về chuyện này. Vấn đề là nghĩa vụ như thế nào, thì có hai quan điểm. Một bên, mà đại diện là Uỷ ban Vật giá Nhà nước, cho rằng giá mua nông sản do họ tính đã đảm bảo có lãi cho nông dân rồi. Công thức tính của họ thì không sai, khó bắt bẻ lắm. Nhưng tại sao nông dân vẫn kêu, đến nỗi có nơi không ai muốn gặt lúa nữa? Trần Phương quyết định cho Viện Kinh tế học tiến hành nghiên cứu độc lập về vấn đề này. Đi vào thực tế của nhiều cơ sở, các nhà nghiên cứu của Viện phát hiện ra rằng hoá ra cách tính của Uỷ ban Vật giá Nhà nước là sai, vì chỉ dựa trên những giả định về những giá đầu vào, thấp hơn nhiều so với giá thực tế. Với giá mua đó, nông dân không thể tái sản xuất được. Những bài nghiên cứu của Viện Kinh tế học đã được đăng trên Tạp chí Nghiên cứu Kinh tế. Nhưng tiếng nói chính thống thì vẫn thuộc phía Uỷ ban Vật giá Nhà nước. Như vậy thì phải xuất tướng. Không còn là sự tranh luận về học thuật nữa, mà là sự đối đầu giữa Viện Kinh tế học và Uỷ ban Vật giá Nhà nước. Cả hai bên đều phải giải trình trước Bộ Chính trị, Ban Bí thư về những cách tính toán của mình. Phải nói rằng đối với Trần Phương thì đây là một sự lựa chọn vừa có lương tri, vừa dũng cảm, vì vào thời kỳ đó, đụng đến hệ thống giá là húc đầu vào một tảng "bê tông" kiên cố, có thể bị chụp cho vô khối thứ "mũ" oan khiên. Viện trưởng Viện Kinh tế học đã vạch rõ những cái sai của Uỷ ban Vật giá Nhà nước trước Bộ Chính trị. Trần Phương kể lại: "Khi mình trình bày, tất cả các uỷ viên Bộ Chính trị và Ban Bí thư đều ngồi im nghe, không ai nói một câu, dường như quả bom mình cho nổ quá bất ngờ! Riêng ông Trường Chinh thì nhìn mình, mỉm cười."

Sau sự kiện này, năm 1976 ông Trần Phương được cử làm Bộ trưởng Bộ Nội thương, sau đó làm Phó thủ tướng phụ trách 6 bộ, trong đó có cả Uỷ ban Vật giá Nhà nước.

Còn đối với chế độ thu mua nghĩa vụ về thịt lợn, định mức mỗi lao động nông nghiệp phải bán cho Nhà nước 8kg/người/năm, theo giá thấp hơn rất nhiều so với giá thị trường. Khổ nhất là những hộ nông dân không nuôi lợn. Khoảng 20% số hộ nông dân thuộc loại đó. Họ phải mua lợn của hàng xóm theo giá thị trường, để bán cho Nhà nước theo giá nghĩa vụ! Trần Phương lúc đó đã có lần dám gọi nghĩa vụ bán lợn cho Nhà nước là một thứ "cống vật" - một khái niệm của thời phong kiến. Ông đã nhiều lần phản ánh với Tổng Bí thư, và Tổng Bí thư đã phê phán Chính phủ gay gắt. Nhưng sự cải thiện chỉ diễn ra rất dè dặt. Nguyên nhân vì Bộ Tài chính không sẵn sàng chi ra một khoản tiền lớn cho việc nâng giá thu mua lợn. Chỉ khi Trần Phương được cử giữ chức Phó thủ tướng phụ trách phân phối lưu thông năm 1982, ông mới đặt ra trước Thường vụ Hội đồng Bộ trưởng kiến nghị bãi bỏ nghĩa vụ thịt lợn đối với nông dân.

Chỉ với riêng hai việc "tày đình" đó cũng đáng ghi nhận rằng Trần Phương có công lao lớn đối với nông dân, mặc dầu sau này chẳng có người nông dân nào biết được rằng đã có những ai "cởi trói" cho họ.

Vào năm 1979, ông chuyển sang làm Bộ trưởng, Phó chủ nhiệm Thường trực Uỷ ban Kế hoạch Nhà nước. Ở đây, ông đã làm một việc tày đình nữa là dám cắt bỏ hàng mấy chục dự án đầu tư của các ngành và các địa phương, vì ông thấy đầu tư không có hiệu quả.

Đến năm 1981, ông được tái cử làm Bộ trưởng Bộ Nội thương. Ở đây ông đã thực thi nhiều tư tưởng kinh tế mà ông nung nấu từ thời ở Viện Kinh tế học. Trong đó có một việc "tày đình" nữa là dẹp bỏ các cửa hàng cung cấp đặc biệt ở Nhà thờ, Tôn Đản, Vân Hồ, Đặng Dung, điều mà cũng phải dũng cảm lắm mới dám làm. Nhậm chức Bộ trưởng chưa đầy một tháng, ông đã trình Bộ Chính trị một bản kiến nghị nổi tiếng: "Kiến nghị về cải tiến quản lý thương nghiệp". Trong đó ông vạch rõ: Với cơ chế "mua như cướp, bán như cho" hiện hành thì ngành thương nghiệp hoàn toàn bị tê liệt. Để cởi trói cho ngành thương nghiệp, ông kiến nghị: bãi bỏ chế độ tem phiếu, bãi bỏ hệ thống giá cung cấp và hệ thống giá thu mua, cho phép ngành thương nghiệp mua theo giá thỏa thuận, bán theo giá tự do. Thời đó thì bản kiến nghị này là "phát súng thần công" bắn vào cơ chế kế hoạch hoá tập trung. Nó gây ra một cuộc tranh luận hết sức căng thẳng trong các cơ quan lãnh đạo của Đảng và Chính phủ. Cuối cùng, nó chỉ được chấp nhận một cách dè dặt: chế độ cung cấp bị thu hẹp một phần, ngành thương nghiệp có thêm một số quyền tự do hành động. Phải 5 năm sau, khi ông giữ chức Phó thủ tướng phụ trách phân phối lưu thông thì bản kiến nghị của ông mới giành được sự đồng tình ủng hộ của các bộ có liên quan, dẫn tới cuộc cải cách giá và lương năm 1985. Kết quả là: hệ thống giá được tự do hoá, tiền lương được tiền tệ hoá, mọi hoạt động mua và bán đều theo giá thị trường. Nhưng cuộc cải cách đã dẫn đến một đợt lạm phát phi mã và vì thế, ông được miễn nhiệm chức vụ Phó thủ tướng.

Khi Trần Phương thôi giữ chức Phó thủ tướng sau cuộc tổng điều chỉnh giá năm 1985, tôi có viết và cho đăng một bài về số phận và con đường của Vương An Thạch, một nhà cải cách lớn của Trung Quốc thời nhà Tống. Tôi muốn nhân đó thử cùng nhau suy ngẫm về thân phận của những nhà cải cách nói chung: đã dấn thân đi đầu trong một cuộc chuyển đổi lớn, thì chuyện nửa đường đứt gánh là thường tình. Rồi cái gánh đó sẽ được người sau gánh tiếp vào lịch sử... Sau khi đăng, tôi có đưa cho Trần Phương xem. Đọc xong, ông trầm tư và nói ngắn gọn: "Ừ! Nó như thế đấy cậu ạ! Nhưng đem so cái thiệt của một cá nhân với cái được của cả xã hội thì vẫn chẳng có gì đáng tiếc".

Tôi vẫn nhớ, có lần, vào khoảng 1983 - 1984, ngay từ khi ở đỉnh cao của quyền lực, Trần Phương đã nói với tôi: "Kể ra làm Phó thủ tướng vài năm để thi thố những tài năng của mình cũng là điều thú vị chứ cậu? Sau đó tớ  sẽ trở về làm nghề gõ đầu trẻ. Đó cũng là một trong những nghề tớ thích nhất trên đời...". Điều ông nói hôm đó sau này đã trở thành lời tiên tri. Khi về nghỉ hưu ở tuổi 65, ông bắt tay vào thực hiện mơ ước đó. Và khác với cái mơ ước viết văn 40 năm trước, lần này ông đã toại nguyện. Từ năm 1996, ông đứng ra thành lập trường Đại học Dân lập Quản lý và Kinh doanh Hà Nội. Đây cũng là một trong những nơi quy tụ nhiều nhân tài nhất trong lĩnh vực kinh tế của đất nước: năm chục giáo sư, tiến sĩ, trong đó có một chục vị đã từng giữ chức Bộ trưởng, Thứ trưởng, đã về đây làm việc cùng ông.

Có câu hát quan họ "Còn duyên kẻ đón người đưa. Hết duyên đi sớm về trưa một mình". Ông quả là đã thôi quyền lực, thôi khả năng ban phát chức tước và lợi ích cho người khác rồi. Nhưng nhân tài vẫn về với ông. Những người đồng sự cũ vẫn không để ông "một mình". Hẳn là trong thời gian ông cầm quyền, từ Viện trưởng Viện Kinh tế học cho tới Phó thủ tướng, ông đã để lại những dấu ấn và những cảm tình không phai mờ nơi những người cộng sự. Bởi lẽ đó, và có lẽ cũng chỉ bởi lẽ đó thôi, mà đến khi cả quyền, cả chức đã hết, thì tình nghĩa vẫn đầy. Hoá ra ông vẫn còn "duyên"./.